Fakultas Ushuluddin berdiri di Padang Panjang pada awal tahun 60-an, tepatnya tanggal 5 Mei 1963 yang berada di bawah naungan Yayasan Imam Bonjol. Seiring berdirinya IAIN Imam Bonjol Padang pada tanggal 29 November 1966 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI No.76 Tahun 1966 tanggal 21 November 1966, maka IAIN Imam Bonjol Padang memiliki empat Fakultas yang berada di tempat yang terpisah. Fakultas Ushuluddin berada di Padang Panjang; Fakultas Tarbiyah di Padang; Fakultas Syariah di Bukittinggi; dan Fakultas Adab di Payakumbuh.

Sejak tahun 1976 IAIN Imam Bonjol Padang dipusatkan di Padang. Fakultas Ushuluddin sendiri yang sebelumnya beroperasi di Padang Panjang dipindahkan ke Padang berdasarkan Surat Rektor No.47/B. II/IAIN/1978 tanggal 8 Maret 1978 menempati kampus IAIN Imam Bonjol Padang jalan Sudirman No. 15 Padang. Makin pesatnya pertumbuhan kampus ini, IAIN Imam Bonjol Padang membangun Kampus II yang berlokasi di Lubuk Lintah. Pada tahun 1980 Fakultas Ushuluddin dipindahkan ke kampus II ini sampai tahun 2023. Pengembangan kampus UIN Imam Bonjol Padang terus dilakukan. Pada akhir tahun 2022  pengerjaan kampus III yang beralamat di Sungai Bangek selesai dilakukan. Sejak awal tahun 2023 Fakultas Ushuluddin dan Studi Agama pindah ke kampus III sampai saat ini.

Sejak awal berdiri di Padang Panjang, Fakultas Ushuluddin telah memiliki dua jurusan, yakni Perbandingan Agama dan Aqidah Filsafat. Pada tahun 1989 Fakultas Ushuluddin memiliki jurusan baru, yakni Tafsir Hadis. Seiring perjalanan Waktu pada tahun 2005, Fakultas Ushuluddin memiliki Jurusan Psikologi Islam berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Bagais DJII/167/2005 tanggal 1 Juni 2005.

Pada tahun 2017  Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Imam Bonjol beralih status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Imam Bonjol Padang berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 35 Tahun 2017. Bersamaan dengan peralihan tersebut Fakultas Ushuluddin diubah menjadi Fakultas Ushuluddin dan Studi Agama UIN Imam Bonjol Padang yang disingkat dengan “FUSA”. Ada penambahan pada dua kata, “Studi Agama”. Ini bertujuan untuk mengakomodir Prodi Studi Agama-Agama. Berdasarkan Peraturan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1429 tahun 2012 , pada tahun 2017, beberapa Program Studi, yakni Perbandingan Agama menjadi Studi Agama-agama, Aqidah dan Filsafat menjadi Aqidan dan Filsafat Islam, Tafsir hadis menjadi Ilmu al-Qur’an dan Tafsir. Ini berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 6811 tahun 2017 tanggal 8 Desember 2017 tentang penyesuian nomenklatur Program Studi Pada Universitas Islam Negeri Imam Bonjol Padang. PS SAA dulu bernama jurusan Perbandingan Agama merupakan salah program studi tertua yang berada di bawah FUSA UIN) Imam Bonjol Padang. PS SAA mulai berdiri dan dinegerikan pada 21 November 1966 berdasarkan  SK Menteri Agama No. 76 Tahun 1966.  Selanjutnya pada 18 April 1977,  berdasarkan SK Menteri Agama No.  22 tahun 1977,  PS SAA yang semula berada di Padang Panjang, kemudian dipindahkan ke Padang. Adapun  izin penyelenggaraan jurusan dikeluarkan pada 29 Juni 1999  dengan SK Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No. E/153/1999 dan diperpanjang izin penyelenggaraannya pada 14 April 2009 dengan SK Dirjen Pendidikan Islam No. Dj.1/197/2009. Pada 08 Maret 2017 berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam No. 6943 Tahun 2016 tentang Perubahan dan Penyesuaian Nomenklatur, maka nama program studi Perbandingan Agama berubah menjadi Studi Agama-Agama dengan gelar akademik Sarjana Agama (S.Ag). Saat ini PS SAA terakreditasi Baik Sekali dengan masa belaku sampai 15 Maret 2025 berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 4248/SK/BAN-PT/Ak.KP/S/V/2024.