Prodi Studi Agama-Agama – dulu bernama jurusan Perbandingan Agama— adalah Prodi tertua yang berada di bawah Fakultas Ushuluddin dan Studi Agama (FUSA) Universitas Islam Negeri (UIN) Imam Bonjol Padang. Prodi ini  mulai berdiri dan dinegerikan pada 21 November 1966 berdasarkan  SK Menteri Agama No. 76 Tahun 1966.  Selanjutnya pada 18 April 1977,  berdasarkan SK Menteri Agama No.  22 tahun 1977.  Prodi ini yang semula berada di Padang Panjang, kemudian dipindahkan ke Padang. Adapun  izin penyelenggaraan jurusan dikeluarkan pada 29 Juni 1999  dengan SK   Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No. E/153/1999 dan diperpanjang izin penyelenggaraannya pada 14 April 2009 dengan SK. Dirjen Pendidikan Islam No. Dj.1/197/2009. Pada 08 Maret 2017 berdasarkan SK. Dirjen Pendidikan Islam No. 6943 Tahun 2016 tentang Perubahan dan Penyesuaian Nomenklatur, maka nama Prodi Perbandingan Agama berubah menjadi Studi Agama-Agama dengan gelar akademik Sarjana Agama (S.Ag).

Berdasarkan pangkalan data IAIN IB Padang,  tahun 1998 Prodi Studi Agama-Agama sudah pernah terakreditasi dengan nilai C. Selanjutnya tahun 2010 Prodi Studi Agama-Agama  terakreditasi dengan nilai B. Terakhir  berdasarkan Keputusan dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) No. 089/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2015 Prodi Perbandingan Agama kembali terakreditasi dengan  peringkat B, dengan masa berlaku  mulai 14 Maret 2015 sampai 14 Maret 2020.